Эмнэлгээр ихэвчлэн өвчтэй хүмүүс л үйлчлүүлдэг тул өвчтөнөөс ялгарах нян эмнэлгийн дотоод орчинд эргэлдэж байдаг. Цар тахлын энэ үед аль болох эмнэлэгт очихгүй байхыг ЭМЯ-наас анхааруулсаар буй.
Азийн хөгжлийн банкны санхүүжилттэй ЭМСХХ-5 төслийн “Эрүүл мэндийн байгууллагын эрүүл ахуй, халдварын сэргийлэлт, хяналтыг сайжруулах” зорилтын хүрээнд хот, хөдөөгийн 27 эмнэлгийн Төвлөрсөн ариутгал, Нян судлалын тасгуудад иж бүрэн засвар, тоног төхөөрөмжийн шинэчлэл хийсэн юм. Технологийн шинэчлэлийг дагаад эмнэлгийн үйл ажиллагаанд оролцогч бүх эмч, сувилагч, мэргэжилтнүүдийг үе шаттай системчилсэн сургалтад хамруулжээ. Төсөл хэрэгжсэн эмнэлгүүдийн 1575 эмч, халдвар судлаач, лабораторийн эмч, лаборант, эмнэлгийн мэргэжилтнийг 59 удаагийн сургалт явуулж эмнэлгийн халдвар хамгааллыг сахих, шинэ шатанд гаргах бодит ажил болсон байна. Ингэснээр эмнэлгийн дотоод халдвар илрүүлэлт сайжирчээ.